由于膜的污染导致通量的下降，必须对膜进行清洗。膜清洗的一般原则是高流速、低压力下进行，渗透侧阀门必须闭合状态。

  一般来说，膜清洗方法通常可分为物理方法和化学方法。物理方法是指采用高流速水冲洗，海绵球机械清洗等去除污染物；化学方法是采用对膜材料本身没有破坏、对污染物有溶解作用或置换作用的化学试剂对膜进行清洗。

  平板陶瓷膜以其优异的化学稳定性和高的机械强度可采用更广泛的清洗方法进行清洗。无机膜化学清洗的一般规律为：无机强酸使污染物中一部分不溶性物质变为可溶性物质；有机酸主要清除无机盐的沉积；螯合物可与污染物中的无机离子络合生成溶解度大的物质，减少膜表面和孔内沉积的盐和吸附的无机污染物，表面活性剂主要清除有机物污染物；强氧化剂和强碱是清除油脂和蛋白、藻类等 生物物质的污染；而对于细胞碎片等污染体系，多采用酶清洗剂。

  对于污染非常严重的膜，通常采用强酸、强碱交替清洗，并加入次氯酸钠等氧化剂与表面活性剂。在这些清洗过程中，常采用高速低压的操作条件，最大程度地恢复膜通量。化学清洗结束后用清水漂洗至中性。